獣医師が必死にバイオインフォマティクスPythonによる実践レシピをwin10で動かす(その4)


仮想環境の自動実行

その4とか言っているけど番外編な気がする

Anaconda3のPATHを通す

最初にインストールする際にやっていた人は必要なし
コマンドプロンプトからJupyter notebookって打って開けばOK
ダメな人は以下へ↓
コントロールパネル>システム>システムの詳細設定>詳細設定>環境変数>システムの環境変数
pathに以下を追加

C:\Users\今アクセスしているアカウントの人\anaconda3
C:\Users\今アクセスしているアカウントの人\anaconda3\Scripts

追加するパスがわからない人は
Windowsスタートメニュー>Anaconda3(64bit)>Jupyter Notebook (anaconda3)を右クリック
その他>ファイルの場所をクリックして出てきたJupyter Notebook (anaconda3)のプロパティからリンク先を見るとanaconda3の場所が書いてあるので、上記のanaconda3より前のアドレスをそれに直す。
そうしたらコマンドプロンプトから

Jupyter notebook

怒られた。
distutils_patch.py:25: UserWarning: Distutils was imported before Setuptools. This usage is discouraged and may exhibit undesirable behaviors or errors. Please use Setuptools' objects directly or at least import Setuptools first.

更にpathを追加していく

C:\Users\今アクセスしているアカウントの人\anaconda3\Library\share\zmq
C:\Users\今アクセスしているアカウントの人\anaconda3\Library\bin

まだ駄目なので
Windows:「スタート」>「すべてのプログラム」>「Anaconda3 (64-bit)」>「Anaconda Prompt」から実行

pip uninstall pyzmq
pip install pyzmq

再度コマンドプロンプトから

Jupyter notebook

無事に起動
ここまでやったけど、Anaconda3の再インストールをして、pathを通す設定にした方が楽な気がする

ここから自動的に動かしたいのでバッチファイルを作成
とは言えやっているのは単にテキストで下のコマンド書いて、保存後に拡張子を.batに変えただけ

Auto_Jupyter_notebook.bat
@echo off
call activate bioinfomatics
cd C:\Users\Anaconda3が置いてある場所
jupyter notebook

クリックして動くことを確認
コンソールが動くと邪魔で、バックグラウンド処理で実施したいのでvbsファイルを作成
これもテキストで下のコマンド書いて、保存後に拡張子を.vbsに変えただけ

Jupyter_notebok_Bg_run.vbs
Set ws = CreateObject("Wscript.Shell")
ws.run "cmd /c Auto_Jupyter_notebook.bat", vbhide

作成したvbsファイルのショートカットを作成し、プロパティからリンク先と作業フォルダの情報を取得
更に楽をするために「スタート」>「Windowsシステムツール」>「コマンドプロンプト」を右クリックしてタスクバーにピン止め
タスクバーのコマンドプロンプトを右クリックして、更にコマンドプロンプトを選んで右クリックしてプロパティを動かす
ここでリンク先と作業フォルダをvbsファイルの物と同一にする

ほら、これで楽に動くでしょ?